Cùng với các muối selenit của bari và kẽm, natri selenit được dùng chủ yếu trong sản xuất thủy tinh trong (không màu). Màu hồng tạo bởi các selenit này triệt tiêu màu xanh của tạp chất sắt.[2]

Vì selen là một nguyên tố thiết yếu, natri selenit là một nguyên liệu của một vài thực phẩm bổ sung.

Cục Quản lý thuốc và thực phẩm Mỹ (FDA) công nhận một chế độ bổ sung selen trong chế độ ăn của động vật, tuy nhiên dạng thường gặp là cho vật nuôi trong nhà. Dựa vào một bài báo, "không nhiều điều được biết về các hợp chất selen để chấp thuận cho mục đích sử dụng cho động vật khi những quyết định được thực hiện trở lại vào thập niên 1970... Tại thời điểm hoạt động điều chỉnh được thực hiện, chỉ có muối selen vô cơ (natri selenit và natri selenat) có thể kiếm được ở mức giá cho phép dùng cho thức ăn động vật."[3]